Є магнітні тримачі для схем, які частково вирішують це питання, але не впевнена, що вам буде фінансово вигідно. Другий варіант - світлим маркером виділити те, що будете вишивати, а потім темним замалювати. Або програми для телефонів/планшетів, компа, якщо ви знайдете свою схему у відповідному форматі, там можна виділяти і підсвічувати значки.
Я замальовую звичайною кульковою ручкою. Головне, щоб під ручкою було видно значок, про всяк випадок.